Что касается вашего первого вопроса, обычно большинство групп проверяют все файлы, связанные с проектами (за исключением журналов и временных файлов). Если вы действительно хотите сохранить свою базу данных, сохраните дамп базы данных (а не двоичные файлы). Вы должны обязательно включить и данные, и схему.
Мы находимся в похожей с вами ситуации - дизайнерское агентство с сайтами Joomla.
Мы используем Subversion, причем каждый сайт является репозиторием. Когда мы начинаем проект, мы скачиваем последнюю версию Joomla и помещаем ее в SVN. Затем мы выгружаем сайт из SVN на локальную машину и работаем над ним, проверяя, когда это необходимо.