Я просто хотел спросить, можем ли мы получить доступ к внешнему серверу MySQL от Google App Engine...
Единственный способ общения с другими хостами - это использование UrlFetch, который обеспечивает только HTTP и HTTPS запросы.
Таким образом, вы не можете сделать это из коробки.
В любом случае, если вам действительно нужен доступ к внешней базе данных сервера MySQL, вам следует подумать о том, чтобы открыть ее через Web API (например, RESTful, Soap web-services). Таким образом, ваши данные будут доступны и через UrlFetch.