Как долго длится долгое время выжившие в старом поколении?

Это чисто проблема регистрации / снятия регистрации с сервера в mysql`s driver или tomcats webapp-classloader. Скопируйте mysql-драйвер в папку tomcats lib (так что он загружен jvm напрямую, а не tomcat), и сообщение исчезнет. Это приводит к выгрузке драйвера mysql jdbc только при отключении JVM, и никто не заботится о утечке памяти.