Как перейти вниз на уровень в R

Сначала вы можете получить все каталоги файлов:

all.files = list.files(recursive = T)

Затем ваш CSV-файл будет иметь те файлы, которые имеют наибольшее количество прямых слешей (как вы сказали, это всегда последний:

library(magrittr)
all.files[stringr::str_count(all.files, pattern = "/") %>% .[equals(., max(.))]]

поочередно, если это единственные CSV-файлы в ваших подкаталогах, ваша работа будет намного проще:

csv.files = grep(pattern = ".csv", all.files, value = T)

или, если целевые CSV-файлы находятся на самом низком уровне, но не только те, которые там есть, и не единственные CSV-файлы в подкаталогах, вы можете объединить эти два:

all.files[stringr::str_count(all.files, pattern = "/") %>% .[equals(., max(.))]] %>% grep(pattern = "csv",., value = T)