Могут ли репозитории Mercurial быть вложенными?

Все будет хорошо.

Похоже, что Mercurial достаточно умен, чтобы игнорировать подкаталоги, в которых уже есть репозитории. Вот разговор с ним:

$ mkdir outer
$ mkdir outer/inner
$ mkdir outer/sub
$ echo red >outer/red.txt
$ echo blue >outer/inner/blue.txt
$ echo green >outer/sub/green.txt
$ cd outer/inner/
$ hg init
$ hg add
adding blue.txt
$ hg commit -m "create inner"
$ cd ..
$ hg init
$ hg add
adding red.txt
adding sub/green.txt
$ hg commit -m "create outer"
$ hg status
A red.txt
A sub/green.txt
$ hg commit -m "create outer"

Как видите, когда я добавляю во внешний репозиторий, он игнорирует внутренний каталог.

Если вы хотите быть более уверенным, вы можете добавить внутренний каталог в свой .hgignore.