Похоже, что Mongo v1.9 + имеет поддержку компактности на месте!
> db.runCommand( { compact : 'mycollectionname' } )
См. документы здесь: http://docs.mongodb.org/manual/reference / command / compact /
«В отличие от repairDatabase, компактная команда не требует двойного дискового пространства для выполнения своей работы. Для работы требуется небольшое количество дополнительного пространства. Кроме того, compact быстрее. "