Действительно ли возможно выполнить двоичные файлы в Java?

Если вы хотите взаимодействовать с двоичными API, используйте:

• Java Native Access (JNA) : для загрузки и вызова библиотек DLL.
• Собственный интерфейс Java (JNI) : для упаковки библиотеки C в Java.

Да. Вот ссылка на хорошую статью в блоге о том, как это сделать: Выполнение системных команд в Java.

Суть ее в том, что вам нужно сделать следующее:

// run the Unix "ps -ef" command
// using the Runtime exec method:
Process p = Runtime.getRuntime().exec("ps -ef");

Вы можете поместить туда практически любую команду, но единственная загвоздка, с которой я столкнулся, - это помнить о системных переменных окружения, таких как PATH, в которых вы запускаете свою JVM.