Проблема с измененными файлами, которые отображаются в Git, но не обновляются?

У меня есть файлы / папки, которые просто не покидают промежуточную область Git?

# On branch master
# Changed but not updated:
#   (use "git add <file>..." to update what will be committed)
#   (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#   (commit or discard the untracked or modified content in submodules)
#
#   modified:   JavaScript/Stand.ard.iz.er (modified content, untracked content)
#   modified:   Site (untracked content)
#   modified:   Template Archives/Template (modified content, untracked content)
#   modified:   Template Archives/Template_Git (modified content, untracked content)
#

Я пробовал все, чтобы эти" измененные "файлы были зафиксированы, но безуспешно?

Я пробовал ...

git add .
git add *
git add -u
git add {actual full directory path}

... но ничего из этого не работает.

Есть идеи?

Спасибо.