как я могу отменить Future.delayed вызов функции

Для замены всех вхождений подстроки в вашем документе используйте:

db.media.find({mediaContainer:"ContainerS3"}).forEach(function(e,i) {
var find = "//a.n.com";
var re = new RegExp(find, 'g');
e.url=e.url.replace(re,"//b.n.com");
db.media.save(e);
});