Моделирование молекулярной динамики в Python
Я ищу пакет Python, который я могу использовать для моделирования молекулярной динамики в неравновесных ситуациях. Мне нужна установка, которая может обработать довольно большое количество молекул, прежде всего, кинетическим способом теории, и это может обработать существующие поверхности тела наличия. Относительно поверхностей я должен был бы быть в состоянии создать произвольные формы и давление монитора и другие переменные, следующие из молекулярного действия. С другой стороны, я мог добавить поверхностные части сам, если бы у меня были молекулы, которые могли бы обработать его.
Кто-либо знает о каких-либо пакетах, которые могли бы подойти?
5 ответов
Рассматривали ли вы SimPy? SimPy - это довольно общий пакет дискретно-событийного моделирования, но он может удовлетворить ваши потребности.
Еще лучше Molecular Modelling ToolKit (MMTK), который кажется более специализированным...
Я не пользовался ни тем, ни другим, но это звучит забавно. Python, как язык, кажется, находится в привилегированном положении для использования в программном обеспечении для моделирования, когда люди могут писать сценарии для конкретных деталей своей модели, полагаясь при этом на фреймворк для всей общей логики, такой как планирование, визуализация, мониторинг и т.д. Неизвестно, насколько хорошо такие наборы инструментов масштабируются при использовании количества агентов, соизмеримого с биологическими моделями (BTW, насколько "большими" они являются?)
.Лампы и Громаки - два хорошо известных кода молекулярной динамики. Оба этих кода имеют некоторую оболочку на основе Python, но я не уверен, сколько функциональности предоставляют оболочки. Они могут не дать вам достаточного контроля над симуляцией.
Google для "GromacsWrapper" или google для "lammps" и "pizza.py"
Цифровой материал и ASE - это два кода молекулярной динамики, которые раскрывают множество функций, но в прошлый раз, когда я посмотрел, они оба были довольно специализированными . Они могут не разрешить вам использовать те потенциалы силы, которые вы хотите
Google для "цифровых материалов" и "Cornell" или Google для "ase" и dtu
Примечание для MJV: Обычные MD-коды принимают один временной шаг в время, и они перемещают все частицы на каждом временном шаге. Большую часть времени уходит на вычисление общей силы, действующей на каждый атом. Это включает в себя перебор списка пар соседних атомов. Я думаю, что лучше всего выполнить расчет силы и еще несколько основ на C ++ или fortran, а затем обернуть эту функциональность в python. (Но было бы интересно посмотреть, как далеко можно продвинуться, используя матрицы numpy)
Я не знаю, обладают ли эти программы всеми необходимыми вам функциями, но в программах kde есть avogadro, я думаю, что он расширяемый, и поскольку он открытый исходный код, с которым можно делать все что угодно. http://www.kde-apps.org/content/show.php/Avogadro?content=59521
Он действительно продвинут и запрограммирован моим другом
Я второй MMTK, но взгляните на VMD , которое является лучшим программным обеспечением MD, о котором я знаю, и поддерживает Python (в дополнение к Tk). См. это для примеров и руководств.
Еще одна общая среда моделирования - моя собственная GarlicSim . Вы можете попробовать это. Я мог бы помочь тебе собрать симпак, если ты серьезно к этому относишься.