Git filter-branch говорит, что рабочее дерево грязное, когда это не так

Я пытаюсь переписать свою историю в моем репозитории git, потому что мне нужно удалить файл, содержащий ограниченный информация.

Вот что происходит:

$ git filter-branch --index-filter 'git rm --cached --ignore-unmatch FILE' master
Cannot rewrite branch(es) with a dirty working directory.

Итак, я думаю «это странно, я почти уверен, что у меня нет незафиксированных изменений», и бегу:

$ git status -u
# On branch master
nothing to commit (use -u to show untracked files)

Что здесь происходит? Кто-нибудь знает, что может происходить? В этом репозитории есть подмодули.

Информация о подмодуле

У меня 18 подмодулей (все плагины Vim), и вот их статусы. Подумал, что это может быть полезная информация.

$ for i in $(ls); do cd $i; git status -u; cd ..; done;
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# On branch master
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)
# Not currently on any branch.
nothing to commit (working directory clean)

Дополнительная информация

$ git diff-files --ignore-submodules --quiet
$ echo $?
1
$ git diff-index --cached --quiet HEAD --
$ echo $?
0