Правильный способ установки класса во втором примере:
overlaybutton.className = 'overlaybutton';
Это приведет к тому, что классы будут работать в IE. Что касается удаления элементов, я бы рекомендовал переформатировать ваше приложение для обработки событий так:
overlaybutton.onclick = deleteoverlay;