У меня были похожие симптомы, но еще одно решение: в файле /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf в комментарии был полезный совет, который я использовал:
BLOCKQUOTE># To re-enable php in user directories comment the following lines # (from <IfModule ...> to </IfModule>.) Do NOT set it to On as it # prevents .htaccess files from disabling it.