дрожите если несколько выбросов в ggplot2 коробчатой диаграмме
Я пытаюсь найти, что подходящий дисплей иллюстрирует различные свойства в и через школьные классы. Для каждого класса существует только 15-30 точек данных (ученики).
Прямо сейчас я склоняюсь к коробчатой диаграмме контактного усика меньше, показывая только 1.,2. и 3. квартиль + точки данных больше затем, например, 1 население SD +/-демонстрационная медиана.
Это я могу сделать.
Однако - я должен показать этот график некоторым учителям для измерения то, что они любят больше всего. Я хотел бы сравнить свой график с нормальной коробчатой диаграммой. Но нормальная коробчатая диаграмма выглядит одинаково, если существует только одна изолированная часть, или например, 5 выбросов в том же значении. В этом случае это было бы недопустимым.
например.
test <-structure(list(value = c(3, 5, 3, 3, 6, 4, 5, 4, 6, 4, 6, 4,
4, 6, 5, 3, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 4, 4, 3, 4, 5, 6, 6, 4, 3, 5, 4,
6, 5, 6, 4, 5, 5, 3, 4, 4, 6, 4, 4, 5, 5, 3, 4, 5, 8, 8, 8, 8,
9, 6, 6, 7, 6, 9), places = structure(c(1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L,
1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L,
2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L,
1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L), .Label = c("a", "b"), class = "factor")), .Names = c("value",
"places"), row.names = c(NA, -60L), class = "data.frame")
ggplot(test, aes(x=places,y=value))+geom_boxplot()
Здесь существует два выбросов в ("a", 9) - но только одна показанная "точка".
Так мой вопрос: Как дрожать выбросы. И - какой дисплей Вы предложили бы для этого вида данных?
2 ответа
вы можете заново определить функцию
GeomBoxplot$draw<-function (., data, ..., outlier.colour = "black", outlier.shape = 16,
outlier.size = 2, outlier.jitter=0)
{
defaults <- with(data, data.frame(x = x, xmin = xmin, xmax = xmax,
colour = colour, size = size, linetype = 1, group = 1,
alpha = 1, fill = alpha(fill, alpha), stringsAsFactors = FALSE))
defaults2 <- defaults[c(1, 1), ]
if (!is.null(data$outliers) && length(data$outliers[[1]] >=
1)) {
pp<-position_jitter(width=outlier.jitter,height=0)
p<-pp$adjust(data.frame(x=data$x[rep(1, length(data$outliers[[1]]))], y=data$outliers[[1]]),.scale)
outliers_grob <- GeomPoint$draw(data.frame(x=p$x, y = p$y, colour = I(outlier.colour),
shape = outlier.shape, alpha = 1, size = outlier.size,
fill = NA), ...)
}
else {
outliers_grob <- NULL
}
with(data, ggname(.$my_name(), grobTree(outliers_grob, GeomPath$draw(data.frame(y = c(upper,
ymax), defaults2), ...), GeomPath$draw(data.frame(y = c(lower,
ymin), defaults2), ...), GeomRect$draw(data.frame(ymax = upper,
ymin = lower, defaults), ...), GeomRect$draw(data.frame(ymax = middle,
ymin = middle, defaults), ...))))
}
ggplot(test, aes(x=places,y=value))+geom_boxplot(outlier.jitter=0.05)
Это специальное решение. Конечно, в смысле ООП вы должны создать подкласс GeomBoxplot и переопределить функцию. Это просто, потому что ggplot2 хорош.
=== добавлено, например, определение подкласса ===
GeomBoxplotJitterOutlier <- proto(GeomBoxplot, {
draw <- function (., data, ..., outlier.colour = "black", outlier.shape = 16,
outlier.size = 2, outlier.jitter=0) {
# copy the body of function 'draw' above and paste here.
}
objname <- "boxplot_jitter_outlier"
desc <- "Box and whiskers plot with jittered outlier"
guide_geom <- function(.) "boxplot_jitter_outlier"
})
geom_boxplot_jitter_outlier <- GeomBoxplotJitterOutlier$build_accessor()
, тогда вы можете сделать со своим подклассом:
ggplot(test, aes(x=places,y=value))+geom_boxplot_jitter_outlier(outlier.jitter=0.05)
Вы получите то, что ищете? Предел начала джиттера не является автоматическим, это только начало.
g = ggplot(test, aes(x = places,y = value))
g + geom_boxplot(outlier.colour = rgb(0,0,0,0)) + geom_point(data = test[test$value > 8,], position = position_jitter(width = .4))