FXMLLoader fxmlLoader = new FXMLLoader(getClass().getResource("../view/Main.fxml"));
в моем случае я просто удаляю ..
FXMLLoader fxmlLoader = new FXMLLoader(getClass().getResource("/view/Main.fxml"));
Вы можете попробовать использовать JTidy,
Tidy tidy = new Tidy();
tidy.setXHTML(true);
final InputStream inputStream = new FileInputStream("input.html");
tidy.parse(inputStream, System.out);