Вам нужно посмотреть на свой Python-путь и убедиться, что sqlite, который вы хотите, установлен в более ранней директории, чем встроенный sqlite.
Вы можете увидеть путь с помощью:
import sys
print sys.path
Если вы хотите узнать, откуда находится модуль, попробуйте:
print sqlite3.__file__