Oracle / Sun заявляет, что все в порядке, если вы не Не запускаете его локально на производственной коробке? http://download.oracle.com/javase/1.5.0/docs/guide/management/jconsole.html
Примечание. Использование jconsole для мониторинга локального приложения полезно для разработки и прототипирования, но не рекомендуется для производственных сред, поскольку сама jconsole потребляет значительные системные ресурсы. Рекомендуется удаленный мониторинг, чтобы изолировать приложение jconsole от отслеживаемой платформы.
Вы когда-нибудь включали его в производственной среде и испытывали какое-либо влияние на производительность?