Ошибка MySql возникает в одночасье - «Последний пакет, отправленный на сервер, был 0 мс назад»

Кажется, в одночасье у меня возникла исключительная ситуация в моем приложении.

Моя среда - это веб-приложение Java, использующее Tomcat, написанное на Java6 и работающее на MySQL, с Hibernate3, используемым для подключения к базе данных (с использованием соединителя MySQL 5.0.3 - mysql-connector-java-5.0.3-bin. jar)

Существует запланированное задание, которое выполняется в ночное время (с использованием кварца в качестве планировщика), а при запуске в 3 часа ночи оно дает следующее исключение при попытке доступа к базе данных (обратите внимание, я переименовал биты трассировки стека с "xxx", так как это внутренний код компании, в которой я работаю):

03:00:00 ERROR bernate.transaction.JDBCTransaction: JDBC begin failed
com.mysql.jdbc.CommunicationsException: Communications link failure due to underlying exception: 

** BEGIN NESTED EXCEPTION ** 

java.io.EOFException

STACKTRACE:

java.io.EOFException
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.readFully(MysqlIO.java:1913)
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.reuseAndReadPacket(MysqlIO.java:2304)
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.checkErrorPacket(MysqlIO.java:2803)
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.sendCommand(MysqlIO.java:1573)
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.sqlQueryDirect(MysqlIO.java:1665)
    at com.mysql.jdbc.Connection.execSQL(Connection.java:3118)
    at com.mysql.jdbc.Connection.setAutoCommit(Connection.java:5215)
    at org.apache.commons.dbcp.DelegatingConnection.setAutoCommit(DelegatingConnection.java:331)
    at org.apache.commons.dbcp.PoolingDataSource$PoolGuardConnectionWrapper.setAutoCommit(PoolingDataSource.java:317)
    at org.hibernate.transaction.JDBCTransaction.begin(JDBCTransaction.java:63)
    at org.hibernate.impl.SessionImpl.beginTransaction(SessionImpl.java:1326)
    at xxx.HibernateSession.beginThreadTransaction(HibernateSession.java:75)
    at xxx.HibernateSession.beginTransaction(HibernateSession.java:141)
    at xxx.TestCaseManager.runAllTestsInBackground(TestCaseManager.java:228)
    at xxx.scheduler.Job.execute(Job.java:42)
    at org.quartz.core.JobRunShell.run(JobRunShell.java:202)
    at org.quartz.simpl.SimpleThreadPool$WorkerThread.run(SimpleThreadPool.java:529)


** END NESTED EXCEPTION **



Last packet sent to the server was 0 ms ago.
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.reuseAndReadPacket(MysqlIO.java:2515)
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.checkErrorPacket(MysqlIO.java:2803)
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.sendCommand(MysqlIO.java:1573)
    at com.mysql.jdbc.MysqlIO.sqlQueryDirect(MysqlIO.java:1665)
    at com.mysql.jdbc.Connection.execSQL(Connection.java:3118)
    at com.mysql.jdbc.Connection.setAutoCommit(Connection.java:5215)
    at org.apache.commons.dbcp.DelegatingConnection.setAutoCommit(DelegatingConnection.java:331)
    at org.apache.commons.dbcp.PoolingDataSource$PoolGuardConnectionWrapper.setAutoCommit(PoolingDataSource.java:317)
    at org.hibernate.transaction.JDBCTransaction.begin(JDBCTransaction.java:63)
    at org.hibernate.impl.SessionImpl.beginTransaction(SessionImpl.java:1326)
    at xxx.HibernateSession.beginThreadTransaction(HibernateSession.java:75)
    at xxx.HibernateSession.beginTransaction(HibernateSession.java:141)
    at xxx.TestCaseManager.runAllTestsInBackground(TestCaseManager.java:228)
    at xxx.scheduler.Job.execute(Job.java:42)
    at org.quartz.core.JobRunShell.run(JobRunShell.java:202)
    at org.quartz.simpl.SimpleThreadPool$WorkerThread.run(SimpleThreadPool.java:529)
03:00:00 ERROR bernate.transaction.JDBCTransaction: JDBC begin failed
com.mysql.jdbc.CommunicationsException: Communications link failure due to underlying exception: 

Утром при входе в приложение (которое также требует доступа к базе данных) выдается аналогичное исключение, но подождав около 5 минут и попробовав еще раз, мы можем войти в приложение.

Я проверил базу данных и могу выполнить простые операции SELECT для таблиц, к которым он пытается подключиться. Любая помощь будет оценена.