Это классическая проблема бенчмаркинга Java. Hotspot / JIT / etc будет компилировать ваш код во время его использования, поэтому он будет быстрее во время выполнения.
Сначала запустите цикл по крайней мере 3000 раз (10000 на сервере или на 64-битной основе) - затем сделайте свои измерения.