Почему моя программа на Java работает в 4 раза быстрее через Eclipse, чем через оболочку?

Когда я выполняю простой пример кода ниже через Eclipse (версия 3.5.2, в Ubuntu 10.04, версия java "1.6.0_20" Среда выполнения OpenJDK (IcedTea6 1.9.9) (6b20-1.9.9-0ubuntu1 ~ 10.04.2) OpenJDK Server VM (сборка 19.0-b09, смешанный режим)), это занимает около 10 секунд. Когда я выполняю его из своей оболочки (используя тот же приоритет и версию java), это занимает около 40 секунд.

for (int i = 0; i<1000*1000; i++) {
  System.out.println(Math.cos(i));
}

Я также пробовал другие программы, различающиеся по времени выполнения и объему вывода: каждая из них была намного медленнее в оболочке. Это не зависело от порядка исполнения. Минимальная разница в процентах составила 85 секунд в Eclipse по сравнению с 145 секундами в оболочке для программы с очень небольшим объемом вывода.

В чем причина?