Проверка подлинности Windows SQL Server из веб-приложения, работающего на сервере Linux

Я обычно использую INSERT IGNORE, и это похоже на то, какое поведение вы ищите. Пока вы знаете, что строки, которые вызовут конфликты индекса, не будут вставлены, и вы планируете свою программу соответственно, это не должно вызывать никаких проблем.