Я плохо знаком с NSIS, и я должен знать, что в деинсталляторе, как я могу проверить, если приложение (который находится в C++) работает, и закройте его перед удалением.
В зависимости от приложения у вас есть несколько вариантов:
Используйте плагин NsProcess. Загрузите его здесь -> NSProcess
Как им пользоваться? Очень просто:
${nsProcess::KillProcess} "${APP_EXE}" $R4
где APP_EXE - это имя вашего приложения ...
Загрузка также расскажет вам, как его использовать ... :)