Если вы действительно хотите изучить Swing и особенно макеты, не используйте GUI Builders. BorderLayout, BoxLayout и достаточно времени позволят вам создать практически любой графический интерфейс, который вы захотите. В этом случае не имеет значения, используете ли вы NetBeans или Eclipse. Мне лично не нравится Eclipse из-за того, как они выполняют автозаполнение. Но решать только вам. Кроме того, профессора любят просить вас написать код вручную на экзамене, так что вам лучше знать, как это сделать.
Таких вопросов много. Вы можете посмотреть вокруг, чтобы узнать больше.
Создание графического интерфейса пользователя на Java
Лучший способ создания графического интерфейса пользователя Java Swing?
Если вы собираетесь создать довольно простое приложение, я бы порекомендовал вам кодировать его вручную. Изучить GridBagLayout несложно. И для студента университета это лучший способ.
Если вы действительно хотите использовать построитель графического интерфейса, используйте NetBeans. Проект Eclipse VE был очень хорош, но пока что мертв. Также есть visualswing4eclipse , но он (ИМХО) даже не в стабильном состоянии. Лично я столкнулся с множеством трудностей при создании пользовательского интерфейса даже средней сложности. Иногда он перезаписывает собственный код. Также он использует собственную реализацию GroupLayout, а не JDK.
(Я заядлый фанат eclipse, но редакторы графического интерфейса пользователя eclipse - бесплатные (я не пробовал никаких платных) очень разочаровывают.