Есть немедленные шаги, которые вы можете предпринять для оптимизации процесса рисования Флота. Если вам не нужны точки на графике, отключите их, это может значительно сократить время рисования. Вы также должны отключить тени, установив параметр shadowSize на 0, чтобы повысить скорость.

Кроме этих двух настроек, вам придется изменить исходный код флота, чтобы иметь возможность выделять серии по отдельности. Я создал патч, который делает именно это, а также небольшой плагин, который позволяет вам выделять серии автоматически или вручную. Патч и плагин могут быть до трех раз быстрее, чем перерисовка всего графика, он также практически устраняет время, необходимое для снятия выделения серии, поскольку использует функцию flot "overlay".

Ниже представлены патч для jquery.flot.js и исходный код плагина highlightSeries, а я создал демонстрационную страницу, которая позволяет увидеть разницу между различными настройками, а также комбинацию патча и плагина.

Flot patch

--- .\jquery.flot.js
+++ .\jquery.flot.js
@@ -147,6 +147,7 @@
         plot.setData = setData;
         plot.setupGrid = setupGrid;
         plot.draw = draw;
+        plot.drawSeries = drawSeries;
         plot.getPlaceholder = function() { return placeholder; };
         plot.getCanvas = function() { return canvas; };
         plot.getPlotOffset = function() { return plotOffset; };
@@ -164,6 +165,7 @@
         plot.highlight = highlight;
         plot.unhighlight = unhighlight;
         plot.triggerRedrawOverlay = triggerRedrawOverlay;
+        plot.drawOverlay = drawOverlay;
         plot.pointOffset = function(point) {
             return { left: parseInt(axisSpecToRealAxis(point, "xaxis").p2c(+point.x) + plotOffset.left),
                      top: parseInt(axisSpecToRealAxis(point, "yaxis").p2c(+point.y) + plotOffset.top) };
@@ -1059,7 +1061,7 @@
                 drawGrid();

             for (var i = 0; i < series.length; ++i)
-                drawSeries(series[i]);
+                drawSeries(series[i], ctx);

             executeHooks(hooks.draw, [ctx]);

@@ -1265,16 +1267,16 @@
             placeholder.append(html.join(""));
         }

-        function drawSeries(series) {
+        function drawSeries(series, ctx) {
             if (series.lines.show)
-                drawSeriesLines(series);
+                drawSeriesLines(series, ctx);
             if (series.bars.show)
-                drawSeriesBars(series);
+                drawSeriesBars(series, ctx);
             if (series.points.show)
-                drawSeriesPoints(series);
+                drawSeriesPoints(series, ctx);
         }

-        function drawSeriesLines(series) {
+        function drawSeriesLines(series, ctx) {
             function plotLine(datapoints, xoffset, yoffset, axisx, axisy) {
                 var points = datapoints.points,
                     ps = datapoints.pointsize,
@@ -1522,7 +1524,7 @@
             ctx.restore();
         }

-        function drawSeriesPoints(series) {
+        function drawSeriesPoints(series, ctx) {
             function plotPoints(datapoints, radius, fillStyle, offset, circumference, axisx, axisy) {
                 var points = datapoints.points, ps = datapoints.pointsize;

@@ -1675,7 +1677,7 @@
             }
         }

-        function drawSeriesBars(series) {
+        function drawSeriesBars(series, ctx) {
             function plotBars(datapoints, barLeft, barRight, offset, fillStyleCallback, axisx, axisy) {
                 var points = datapoints.points, ps = datapoints.pointsize;

@@ -1942,7 +1944,7 @@

                 if (hi.series.bars.show)
                     drawBarHighlight(hi.series, hi.point);
-                else
+                else if (hi.series.points.show)
                     drawPointHighlight(hi.series, hi.point);
             }
             octx.restore();

highlightSeries plugin

/*
Flot plugin for highlighting series.

    highlightSeries: {
        autoHighlight: true (default) or false
        , color: color
    }

If "autoHighlight" is true (the default) and the plot's "hoverable" setting is true
series are highlighted when the mouse hovers near an item.
"color" is the color of the highlighted series (default is "red").

The plugin also adds two public methods that allow you to highlight and
unhighlight a series manually by specifying a series by label, index or object.

    - highlightSeries(series, [color])

    - unHighlightSeries(series)
*/

(function ($) {
    var log = (function () {
        var out = $("#out");
        return function () {
            if (!arguments) { return; }
            var msg = Array.prototype.slice.call(arguments).join(" ");
            if (!out.length) {
                out = $("#out");
            }
            if (out.length) {
                out.text(msg);
            }
        };
    })();

    var options = {
        highlightSeries: {
            autoHighlight: true
            , color: "black"
            , _optimized: true
            , _debug: false
        }
    };

    function init(plot) {
        var highlightedSeries = {};
        var originalColors = {};

        function highlightSeries(series, color) {
            var
                seriesAndIndex = getSeriesAndIndex(series)
                , options = plot.getOptions().highlightSeries;

            series = seriesAndIndex[1];

            highlightedSeries[seriesAndIndex[0]] = series;
            originalColors[seriesAndIndex[0]] = series.color;

            series.color = color || options.color;

            if (options._debug) { var start = new Date(); }
            if (options._optimized) {
                if (plot.drawOverlay && options._debug) {
                    plot.drawOverlay();
                }
                else {
                    plot.triggerRedrawOverlay();
                }
            }
            else {
                plot.draw();
            }
            if (options._debug) { 
                log("Time taken to highlight:", (new Date()).getTime() - start.getTime(), "ms");
            }
        };
        plot.highlightSeries = highlightSeries;

        function unHighlightSeries(series) {
            var
                seriesAndIndex = getSeriesAndIndex(series)
                , options = plot.getOptions().highlightSeries;

            seriesAndIndex[1].color = originalColors[seriesAndIndex[0]];

            if (options._debug) { var start = new Date(); }
            if (options._optimized) {
                delete highlightedSeries[seriesAndIndex[0]];
                if (plot.drawOverlay && options._debug) {
                    plot.drawOverlay();
                }
                else {
                    plot.triggerRedrawOverlay();
                }
            }
            else {
                plot.draw();
            }
            if (options._debug) { 
                log("Time taken to un-highlight:", (new Date()).getTime() - start.getTime(), "ms");
            }
        };
        plot.unHighlightSeries = unHighlightSeries;

        plot.hooks.bindEvents.push(function (plot, eventHolder) {
            if (!plot.getOptions().highlightSeries.autoHighlight) {
                return;
            }

            var lastHighlighted = null;
            plot.getPlaceholder().bind("plothover", function (evt, pos, item) {
                if (item && lastHighlighted !== item.series) {
                    for(var seriesIndex in highlightedSeries) {
                        delete highlightedSeries[seriesIndex];
                    }
                    if (lastHighlighted) {
                        unHighlightSeries(lastHighlighted);
                    }
                    lastHighlighted = item.series;
                    highlightSeries(item.series);
                }
                else if (!item && lastHighlighted) {
                    unHighlightSeries(lastHighlighted);
                    lastHighlighted = null;
                }
            });
        });

        function getSeriesAndIndex(series) {
            var allPlotSeries = plot.getData();
            if (typeof series == "number") {
                return [series, allPlotSeries[series]];
            }
            else {
                for (var ii = 0; ii < allPlotSeries.length; ii++) {
                    var plotSeries = allPlotSeries[ii];
                    if (
                        plotSeries === series
                        || plotSeries.label === series
                        || plotSeries.label === series.label
                    ) {
                        return [ii, plotSeries];
                    }
                }
            }
        }

        plot.hooks.drawOverlay.push(function (plot, ctx) {
            for(var seriesIndex in highlightedSeries) {
                plot.drawSeries(highlightedSeries[seriesIndex], ctx);
            }
        });
    }

    $.plot.plugins.push({
        init: init,
        options: options,
        name: "highlightSeries",
        version: "1.0"
    });
})(jQuery);