Как получить попарную «оценку сходства последовательностей» для ~ 1000 белков?

У меня есть большое количество белковых последовательностей в формате fasta.

Я хочу получить оценку попарного сходства последовательностей для каждой пары белков.

Можно использовать любой пакет в R для получения оценки сходства бластных последовательностей для белковых последовательностей?