Я использовал ниже и только что удалил -Recurse из первой строки, и он оставляет все файлы и подпапки в списке исключаемых папок.
Get-ChildItem -Path "PATH_GOES_HERE" -Exclude "Folder1", "Folder2", "READ ME.txt" | foreach ($_) {
"CLEANING :" + $_.fullname
Remove-Item $_.fullname -Force -Recurse
"CLEANED... :" + $_.fullname
}