Есть ли способ читать и записывать файлы в памяти в R?

Я пытаюсь использовать R для анализа больших файлов последовательностей ДНК (файлы fastq, каждый по несколько гигабайт), но стандартный интерфейс R для этих файлов (ShortRead) должен читать весь файл сразу. Это не помещается в памяти, поэтому возникает ошибка. Есть ли способ, которым я могу прочитать несколько (тысяч) строк за раз, поместить их в файл в памяти, а затем использовать ShortRead для чтения из этого файла в памяти?

Я ищу что-то вроде Perl IO :: Scalar для R.

7
задан Marek 24 January 2011 в 15:39
поделиться