Требование уже выполнено - pymysql в / usr / lib / python3 / dist-packages (0.8.0)

Используйте тот же Python3 для запуска вашего файла app.py.

, чтобы убедиться, что вы используете ту же версию Python, я рекомендую вам сделать следующее:

$ python --version  
  python X.X

$ pythonX.X -m pip install pymsql

$ python app.py