Почему мой внутренний код запускается только после закрытия графического интерфейса?

getCost определяется в классе порядка, а не в классе ShopCLI. Поэтому ваш код:

ord.add(new Order(1, inputOuter, inputInner, inputSauce, 0));
System.out.println("You Made a " + inputInner + " with " + inputSauce + " Sandwich on " + inputOuter);
System.out.println("This Will Cost " + getCost());

Должен быть изменен на

Order order = new Order(1, inputOuter, inputInner, inputSauce, 0);
ord.add(order);
System.out.println("You Made a " + inputInner + " with " + inputSauce + " Sandwich on " + inputOuter);
System.out.println("This Will Cost " + order.getCost());
                                       ^^^^^