Как InputStream преобразовать в книгу apache.poi?

Во-первых, миллисекунды до 9 цифр не имеют никакого смысла. «Милли» означает «тысячные», как и в 3-х цифрах.

Во-вторых, у вас нет миллисекунд, у вас есть микросекунды. Тип datetime имеет атрибут microseconds, а %f определяется как микросекунды. И, конечно, «микро» означает «миллионные», как и в 6 цифрах.

Поскольку в объекте нет сохраненных наносекунд, было бы бессмысленно иметь спецификатор формата наносекунд. Но если бы был спецификатор формата nanoseconds, это были бы только микросекунды с дополнительными тремя 0 в конце, которые вы можете сделать сами:

'%Y-%m%d %H:%M:%S.%f000'

В качестве альтернативы никто не заставляет вас использовать strfime; вы всегда можете использовать str.format и включить поле {:09} и передать dt.microseconds * 1000 на него.