Среда Git для проекта CodeIgniter

Я начинаю с нового проекта CI, основанного на репозитории CI 2.0 Reactor . Поскольку код CI2 все еще меняется, я хотел бы сохранить этот код свежим, вопрос в том, как (с помощью Git).

Для людей, не связанных с CI, базовая структура проекта CI2 выглядит следующим образом:

system/  
application/  
index.php
...

Системный каталог содержит структуру, index.php выполняет начальную загрузку, а приложение содержит мой проект. В идеале я хотел бы обновлять index.php и системную папку с помощью Git. Еще я хотел бы придерживаться названия папки приложения. (Вы можете изменить путь к папке с вашим приложением в index.php.) Сохранение имени таким же позволяет просто перетащить папку, и вперед.

Я попытался реализовать это, используя git подмодули (см. ниже), но подмодули не позволяют вам указать каталог из целевого репозитория.

git submodule add https://github.com/philsturgeon/codeigniter-reactor.git/code-igniter/system system

Есть какие-нибудь подсказки, как я могу этого добиться?