Большая часть других ответов дает мелкие размеры - например, размер HashMap без каких-либо ключей или значений, что маловероятно, что вы хотите.
Проект jamm использует пакет java.lang.instrumentation выше, но идет по дереву и поэтому может дать вам использование глубокой памяти.
new MemoryMeter().measureDeep(myHashMap);