Что лучший способ состоит в том, чтобы обновить существующий индекс Lucene. Я dont't просто должен добавить/удалить документы от него, скорее обновить существующие документы.
Вам нужно будет открыть индекс без перезаписи таким образом:
IndexWriter writer = new IndexWriter("MyIndexPath",analyzer, false);
Флаг false в конце указывает, что он должен открываться в режиме добавления.
У писателя есть метод UpdateDocument
writer.UpdateDocument(new Term("IDField",id), doc);
поле id должно быть каким-то уникальным идентификатором документа, таким как имя файла или номер файла и т.д.