ggplot2 heatmap: как сохранить порядок маркировки?
Я пытаюсь вывести heatmap на печать в ggplot2 с помощью csv данные после решения casbon в
проблемой является попытка x-маркировки обратиться сама. Например, если я подкачиваю, маркируют COG0002 и COG0001 в тех данных в качестве примера, x-маркировка все еще выходят в порядке сортировки (cog0001, cog0002, cog0003.... cog0008).
Там должен так или иначе предотвратить это? Я хочу к нему быть приказанным как в файле CSV
спасибо
стр
3 ответа
Если вы хотите сохранить порядок непосредственно из файла csv:
foomelt$COG <- factor(foomelt$COG, levels = as.character(foo[[1]]))
Пробовали ли вы изменить порядок уровней факторов перед построением графика? Например,
foomelt$COG = factor(foomelt$COG,levels(foomelt$COG)[c(2,1,3:8)])
(я не могу попробовать это прямо сейчас, поэтому не могу быть уверен, что это работает)
Если я помню, при вызове фактора (x) с аргументом уровней по умолчанию уровни устанавливаются как levels = sort (unique (x )).
Вы можете отменить это действие, установив level = unique (x).
Например:
set.seed(1)
x = sample(letters, 100, replace = TRUE)
head(x, 5)
[1] "g" "j" "o" "x" "f"
levels(factor(x))
[1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h "" i "" j "" k "" l "" m "" n "" o "" p "" q "" r "" s "
[20] " t "" u "" v "" w "" x "" y "" z "
levels(factor(x, levels = unique(x)))
[1] " g "" j "" o "" x "" f "" y "" r "" q "" b "" e "" u "" m "" s " "z" "d" "k" "a" "w" "i"
[20] "p" "v" "c" "n" "t" "l" "h"
Вы можете увидеть эту настройку levels = unique (x) сохраняет порядок появления в данных.