Вот как это делается на основе документации Mongoose JS http://mongoosejs.com/docs/populate.html
Предположим, у вас есть схема BookCollection, которая содержит пользователей и книг. Чтобы выполнить запрос и получить все BookCollections со связанными с ним пользователями и книгами, вы сделаете это
models.BookCollection
.find({})
.populate('user')
.populate('books')
.lean()
.exec(function (err, bookcollection) {
if (err) return console.error(err);
try {
mongoose.connection.close();
res.render('viewbookcollection', { content: bookcollection});
} catch (e) {
console.log("errror getting bookcollection"+e);
}