Реализация матрицы близости для кластеризации

Пожалуйста, я немного новичок в этой области, поэтому извините меня, если вопрос звучит тривиально или просто.

У меня есть группа наборов данных (точнее, сумка слов), и мне нужно сгенерировать матрицу близости, используя их расстояние редактирования друг от друга, чтобы найти и сгенерировать матрицу близости.

Однако я совершенно не понимаю, как Я буду отслеживать свои данные / строки в матрице. Мне нужна матрица близости для целей кластеризации.

Или Как вообще вы подходите к такого рода проблемам в полевых условиях. Для реализации этого я использую perl и R.

Вот типичный код на perl, который я написал, который читает из текстового файла, содержащего мой пакет слов

use strict ;
   use warnings ; 
   use Text::Levenshtein qw(distance) ;
   main(@ARGV);
   sub main
   {    
    my @TokenDistances ;
    my $Tokenfile  = 'TokenDistinct.txt';
    my @Token ;
    my $AppendingCount  = 0 ; 
    my @Tokencompare ;  
    my %Levcount  = ();
    open (FH ,"< $Tokenfile" ) or die ("Error opening file . $!");
     while(<FH>)
     {
        chomp $_;
        $_ =~ s/^(\s+)$//g;
        push (@Token , $_ ); 
     }
    close(FH); 
     @Tokencompare = @Token ; 


     foreach my $tokenWord(@Tokencompare)
     { 
        my $lengthoffile =  scalar @Tokencompare;
        my $i = 0 ;
        chomp $tokenWord ;

        #@TokenDistances = levDistance($tokenWord , \@Tokencompare );
        for($i = 0 ; $i < $lengthoffile ;$i++)
        {
            if(scalar @TokenDistances ==  scalar @Tokencompare)
            {
                print "Yipeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee\n";
            }
            chomp $tokenWord   ;
            chomp $Tokencompare[$i];
            #print   $tokenWord. "   {$Tokencompare[$i]}  " . "      $TokenDistances[$i] " . "\n";
            #$Levcount{$tokenWord}{$Tokencompare[$i]} = $TokenDistances[$i];
            $Levcount{$tokenWord}{$Tokencompare[$i]} = levDistance($tokenWord , $Tokencompare[$i] );

        }

        StoreSortedValues ( \%Levcount ,\$tokenWord , \$AppendingCount);
        $AppendingCount++;
        %Levcount = () ;

     } 
    # %Levcount  = (); 
}

sub levDistance
{
    my $string1 = shift ;
    #my @StringList = @{(shift)};
    my $string2 =  shift ;
    return distance($string1 , $string2);
}


sub StoreSortedValues {


    my $Levcount  = shift;
    my $tokenWordTopMost = ${(shift)} ; 
    my $j = ${(shift)};
    my @ListToken;
    my $Tokenfile = 'LevResult.txt';

    if($j == 0 )
    {
        open (FH ,"> $Tokenfile" ) or die ("Error opening file . $!");
    }
    else
    {
        open (FH ,">> $Tokenfile" ) or die ("Error opening file . $!");
    }

                print $tokenWordTopMost; 
                my %tokenWordMaster = %{$Levcount->{$tokenWordTopMost}};
                @ListToken = sort { $tokenWordMaster{$a} cmp $tokenWordMaster{$b} }   keys %tokenWordMaster;
            #@ListToken = keys %tokenWordMaster;

        print FH "-------------------------- " . $tokenWordTopMost . "-------------------------------------\n";
        #print FH  map {"$_  \t=>  $tokenWordMaster{$_} \n "}   @ListToken;
        foreach my $tokey (@ListToken)
        {
            print FH  "$tokey=>\t" . $tokenWordMaster{$tokey} . "\n" 

        }

        close(FH) or  die ("Error Closing File.  $!");

}

, проблема в том, как я могу представить матрицу близости из этого и по-прежнему иметь возможность отслеживать, какие сравнения представляют в моей матрице.