Я пытаюсь построить дерево с помощью модуля BioPython, Phylo .
На данный момент я сделал следующее изображение:
каждое имя имеет четырехзначное число, за которым следует - и число: это число указывает количество раз, когда эта последовательность представлена. Это означает 1578–22, этот узел должен представлять 22 последовательности.
файл с выровненными последовательностями: файл
файл с расстоянием для построения дерева: файл
Итак, теперь я знаю как изменить каждый размер узла. Каждый узел имеет разный размер, это легко сделать массив из разных значений:
fh = open(MEDIA_ROOT + "groupsnp.txt")
list_size = {}
for line in fh:
if '>' in line:
labels = line.split('>')
label = labels[-1]
label = label.split()
num = line.split('-')
size = num[-1]
size = size.split()
for lab in label:
for number in size:
list_size[lab] = int(number)
a = array(list_size.values())
Но массив произвольный, я хотел бы поместить правильный размер узла в правильный узел, я пробовал это:
for elem in list_size.keys():
if labels == elem:
Phylo.draw_graphviz(tree_xml, prog="neato", node_size=a)
но ничего появляется, когда я использую оператор if.
Как бы то ни было?
Я был бы очень признателен!
Всем спасибо