2
ответа
Оптимизация поиска в словаре с использованием dict.items () для большого набора данных
Я новичок и начал кодировать в Pyhton в последние несколько месяцев. У меня есть скрипт, который берет протеом (файл 800 Кбайт из 2850 строк) и проверяет каждый отдельный белок (protein_string) на наличие большого ...
вопрос задан: 16 January 2019 02:19
2
ответа
обработка файла multiFASTA
Мне было любопытно знать, существует ли какой-либо инструмент биоинформатики, который там в состоянии обработать multiFASTA файл, дающий мне infos как количество последовательностей, длины, содержания нуклеотида/аминокислоты, и т.д. и возможно...
вопрос задан: 27 January 2016 21:04
2
ответа
Параметр Phylo.draw (& hellip;) в Biopython [duplicate]
Я пытаюсь построить дерево в фигуре, которую я определил: tree = Phylo.read ('test_temp_iteration_2_tree.tre', 'newick') plt.ion () plt.figure (figsize = (40, 20)) Phylo.draw (дерево) plt.show () Однако, ...
вопрос задан: 25 February 2013 15:05
2
ответа
Выборка геномной последовательности эффективно в Python?
Как я могу выбрать геномную последовательность эффективно с помощью Python? Например, из .fa файла или некоторого другого легко полученного формата? Я в основном хочу интерфейс fetch_seq (chrom, скрутка, запустите, конец), который...
вопрос задан: 7 July 2010 03:48
1
ответ
Bio.Motifs выбрасывает KeyError 'd'
Я использую Biopython для обработки некоторых данных NGS. Но я сталкиваюсь со странной проблемой, когда использую модуль мотивов в Biopython. Вот код frame = pd.DataFrame ({'Spacer': seqs1.values ()}, index = seqs.keys ()) ...
вопрос задан: 22 March 2019 10:17
0
ответов
Несколько запросов к серверу и запись в файл без ожидания ответа
Я делаю программу прогнозирования белка, основанную на геномных данных, и в какой-то момент мне нужно отправить несколько запросов на сервер и записать результаты в файл. У меня есть около 100 запросов и файл записи ...
вопрос задан: 29 March 2019 13:22
0
ответов
Есть ли функция, которая может подсчитывать оценку для выровненных последовательностей с учетом параметров выравнивания?
Я пытаюсь оценить уже выровненные последовательности.
Допустим, seq1 = 'PAVKDLGAEG-ASDKGT - SHVVY ---------- TI-QLASTFE'
seq2 = 'PAVEDLGATG-ANDKGT - LYNIYARNTEGHPRSTV-QLGSTFE' с подстановкой заданных параметров ...
вопрос задан: 6 September 2014 07:05
0
ответов
Экземпляр класса Biopython -вывод из Entrez.read :Я не знаю, как манипулировать выводом
Я пытаюсь загрузить XML-файл из Pubmed -, проблем нет, Biopython великолепен. Проблема в том, что я действительно не знаю, как манипулировать выводом. Я хочу поместить большую часть проанализированного xml в...
вопрос задан: 4 July 2012 04:09
0
ответов
перенумеровать остатки в файле структуры белка (pdb)
Hi
В настоящее время я занимаюсь созданием веб-сайта, нацеленного на объединение всей информации о папилломавирусах в одном месте.
В рамках наших усилий мы курируем все известные файлы на общедоступных серверах (например ...
вопрос задан: 12 May 2011 19:54
0
ответов
JPanel с фоном изображения
Как разместить фон изображения на JPANEL? JPanel pDraw = новый JPanel (новый GridLayout (ROWS, COLS, 2,2)); pDraw.setPreferredSize (новое измерение (600 600)); // размер панели JPanel
pDraw.setBackground (Color.RED); /………………………………………………………………………………………………
вопрос задан: 2 November 2010 15:05
0
ответов
Почему python не может найти некоторые модули, когда я запускаю сценарии CGI из Интернета?
Я понятия не имею, в чем может быть проблема: У меня есть несколько модулей из Biopython, которые я могу легко импортировать, используя интерактивную подсказку или выполняя скрипты Python через командную строку. The ...
вопрос задан: 24 September 2010 02:42