По-видимому, должно быть что-то не так с моей проектной структурой в целом. Потому что я создал новый проект с sbt и возвышенным, и теперь я могу использовать spark-submit. Но это действительно странно, потому что я ничего не изменил к структуре по умолчанию sbt-проекта, представленной в intelliJ. Это теперь структура проекта, которая работает как шарм:
Macbook:sp user$ find .
.
./build.sbt
./project
./project/plugin.sbt
./src
./src/main
./src/main/scala
./src/main/scala/MySimpleApp.scala
Спасибо за вашу помощь!