Просто используйте флаг -fno-objc-arc в разделе «Сборка фаз»> «Скомпилируйте источники» перед файлами, к которым вы не хотите применять ARC.
Вот так:
import scipy
import scipy.optimize
def f(z):
return 1000*scipy.sin(z)-z
scipy.optimize.minimize(f, 2*eps, bounds=[(eps,a)])