Честно говоря, трудно сказать. ParadisEO кажется очень активным и представляет собой довольно большую библиотеку, охватывающую различные метаэвристики, помимо GP. Обратите внимание, что это расширенный набор библиотеки EO . OpenBEAGLE хорош, но он не обновлялся с 2007 года. Часовщик сейчас очень хорош и активен, но пока у него есть только доказательство концептуальной реализации GP. Существует множество библиотек, и довольно сложно сказать, какая из них лучшая. И это не так уж сложно, так что помните об этой возможности.
CILib от группы CIRG. Он регулярно обновляется. Разработчики всегда готовы ответить на ваши вопросы.
Форум: http://www.cilib.net/
Я поклонник ECJ, "A Java-based Evolutionary Computation Research System":
http://cs.gmu.edu/~eclab/projects/ecj/
Список рассылки обычно умеренно активен, что указывает мне на общее хорошее состояние проекта. Я использую ECJ почти для всех своих исследований GA и GP, и у него много интересных встроенных функций плюс несколько сторонних вкладов.
Создатель ECJ, Шон Люк, также написал потрясающую книгу, которую можно бесплатно скачать: cs.gmu.edu/~sean/book/metaheuristics/
Возможно, вам стоит попробовать Программирование экспрессии генов (GEP). Это альтернативная форма генетического программирования.
Существует технологический сайт по адресу http://www.gene-expression-programming.com/ . За этим стоит компания GEPSoft http://www.gepsoft.com .
JGAP для Java кажется довольно активным. Если посмотреть на историю проверок, то пару месяцев назад был всплеск активности. http://jgap.sourceforge.net/