Как итеративно оптимизировать запрос MySQL?

Я пытаюсь итеративно оптимизировать медленный запрос MySQL, что означает, что я запускаю запрос, получаю время, настраиваю его, повторно запустить его, получить время и т. д. Проблема в том, что время нестационарное, и последующие выполнения запроса работают совсем иначе, чем предыдущие.

Я знаю, нужно очистить кеш запроса или отключить его, между казнями. Я также знаю, что на каком-то уровне ОС будет влиять на производительность запросов так, как MySQL не может контролировать или понимать. Но в целом что? Лучшее, что я могу сделать для такой итеративной оптимизации запросов, чтобы сравнивать яблоки с яблоками?