Небольшая ревизия ответа @fivetenwill, который работает для меня в Spring Boot 1.4.3.RELEASE:
foo:
"[bar.com]":
a: b
"[baz.com]":
a: c
Вам нужны скобки, которые должны быть внутри кавычек, в противном случае парсер YAML в основном отбрасывает их до того, как они доберутся до Весны, и они не попадают в название свойства.