Как справиться с пропуском ввода для 1-мерного массива в Java

из обсуждения этого чата , ошибка была в цикле for

for (int i = 0; i < words.size(); i++)

, где words.size() было 0, поэтому исправить это Вы должны использовать

for (int i = 0; i <= 260; i++)

, изменив words.size() на 260, где 260 - максимальное количество слов, которые пользователь может ввести.