Как я могу декомпилировать сразу несколько банок?

Ну, я думаю, субъект говорит сам за себя:)

Идеальным решением было бы найти все банки в определенной папке (они могут находиться в подпапках), и записывать все найденные источники в один каталог src, конечно, поддерживая папки пакетов.

Конкретный вариант использования: декомпилировать все jar-файлы плагинов Eclipse