У меня есть командный файл, который существует сразу после его запуска (запускается от имени администратора) и не выполняет содержащихся в нем команд, но если я укажу его в командной строке, он будет работать нормально и будет выполняться все команды.
Вот что в нем:
start /wait msiexec /x SetupServices.msi /qn /l* "SetupServices.uninstall.log"
start /wait msiexec /i SetupServices.msi /qn /l* "SetupServices.install.log"