I удалось написать цикл for
для сравнения букв в следующем векторе:
bases <- c("G","C","A","T")
test <- sample(bases, replace=T, 20)
test
вернет
[1] "T" "G" "T" "G" "C" "A" "A" "G" "A" "C" "A" "T" "T" "T" "T" "C" "A" "G" "G" "C"
с функцией Comp ()
Я могу проверить, есть ли буква соответствует следующей букве
Comp <- function(data)
{
output <- vector()
for(i in 1:(length(data)-1))
{
if(data[i]==data[i+1])
{
output[i] <-1
}
else
{
output[i] <-0
}
}
return(output)
}
В результате;
> Comp(test)
[1] 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 1 0
Это работает, однако очень медленно с большими числами. Поэтому я попробовал sapply ()
Comp <- function(x,i) if(x[i]==x[i+1]) 1 else 0
unlist(lapply(test, Comp, test))
К сожалению, он не работает ... ( Ошибка в i + 1: нечисловой аргумент бинарного оператора
). У меня проблемы с определением, как получить доступ к предыдущему буква в векторе для сравнения. Также проблема длина (данные) -1
, чтобы «не сравнивать» последнюю букву, может стать проблемой.
Спасибо всем за помощь!
Ура Lucky