Java. Считайте файл из FTP, но не загружайте его целый

Просто прочитайте только первую строку, проигнорируйте остаток и закройте поток. Интеллектуальный FTP-клиент не будет буферизировать поток whole в памяти, прежде чем предоставить что-либо для чтения.

Предполагая, что вы используете Apache Commons Net FTPClient:

BufferedReader reader = null;
String firstLine = null;

try {
    InputStream stream = ftpClient.retrieveFileStream(ftpFile.getName());
    reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(stream, "UTF-8"));
    firstLine = reader.readLine();
} finally {
    if (reader != null) try { reader.close(); } catch (IOException logOrIgnore) {}
}

doYourThingWith(firstLine);