np.nansum игнорирует нули в счетчиках

См. этот пост . Если вам нужно update, если вы хотите сохранить нули. Попробуйте сделать:

c=np.nansum(counter1).copy()   #I don't know why you use np.nansum, but you can pass it like this
c.update(np.nansum(counter2))
c
>>Counter({'c-factor': 0.0,
     'dice': 2.0,
     'precision': 2.0,
     'sensitivity': 2.0,
     'specificity': 2.0})