Фатальная ошибка с 'мерзавцем повторно основывает восходящее ответвление' в ответвлении темы

У меня есть проблема, когда я пытаюсь повторно основывать восходящее ответвление в ответвление темы. Рабочий процесс похож на это:

git checkout upstream
git pull origin upstream
git checkout topic
git rebase upstream

Результат похож на это:

First, rewinding head to replay your work on top of it...
Applying Refactored database access and added logging
error: patch failed: path/to/file1.ext:21
error: path/to/file1.ext: patch does not apply
error: path/to/file2.ext:3
error: path/to/file2.ext: patch does not apply
fatal: mode change for path/to/file3.ext, which is not in current HEAD
Repository lacks necessary blobs to fall back on 3-way merge.
Cannot fall back to three-way merge.
Patch failed at 0001.

Это вчера произошло со мной, и я провел свое исследование и ничего не нашел, таким образом, в конце я использовал git merge upstream вместо git rebase upstream и вещи работали. Настоящая проблема состоит в том, что ошибка появляется сегодня также. Я уже синхронизируюсь с восходящим потоком из-за вчерашнего слияния. Кроме того, я не изменил файлы, представленные моими помощниками команды с тех пор вчера.

Моя версия Мерзавца 1.5.6.5 (и действительно не испытывайте желание обновлять ее на этой машине, я боюсь нежелательных последствий).